根据建筑企业所制定的并购战略选取适合的目标公司不是一件随意的事，一般在企业并购中，目标企业的选择上主要存在以下几个方面问题：
一、忽视企业战略，财务并购短期效应明显 成功的并购能为企业创造价值，带来“协同效益”，则要求并购方以实现企业总体战略为目标，对目标企业的行业特点和资源适应性有深刻的了解，并且及时对双方企业文化冲突、利益抵触等方面进行协调。据
建设企业交易中心观察，部分企业在目标企业的选择中会忽视长期战略，而倾向于简单的财务并购，没有理智、正确的目标选择为基础，缺乏战略性眼光，从而造成短视、情绪化的并购行为。
二、盲目并购，缺乏理论指导 我国的建筑企业并购时间较短，处在理论探索和起步阶段，多在西方企业并购理论的指导和经验借鉴下进行，关于目标企业选择的理论尚不完善，未建立起适合我国国情的、规范科学的理论和方法体系，因此在实践中不能很好的应用，从而导致并购的目标企业选择不当。
三、并购形式单一，缺乏定量决策 随着市场经济的不断发展，建筑企业并购形式越来越多，目前我国以协议收购为主，并购决策也多数由并购企业的主要领导人凭个人的意见做出，很少有准确的量化分析方法、可行性研究、组合选择的定量评价以及财务分析等，且存在把目标企业选择和目标企业价值评估分开来考虑的情况，大大降低了并购成功的效率。
四、并购程序和方法不规范 各个企业对并购中目标企业选择步骤并没有统一的意见，大多根据目标企业自身的状况进行选择，缺乏理论指导。国家有关部门制定的并购程序和方法大多从计划经济条件下的企业并购程序和方法演化而来，存在着不完善的地方，尚未达到按市场经济的客观要求来确定并购程序的地步，对于选择合适的目标企业存在一些不良影响。
建筑企业并购目标的选取应从识别开始，注意目标企业的自身实力和外部力量；然后进行初步调查，依据选取原则进行筛选；最后确定合适的目标公司，尽量避免出现上述问题，为并购活动奠定良好的基础。